Sinds de opening van het Huis van de Polyfonie wordt permanent gewerkt aan de uitbouw van een collectie instrumenten die ten dienste staat van de valorisatieprojecten. Jonge, professionele klavierspelers onderhouden en stemmen de toetsinstrumenten op permanente basis. Om een optimale conservatie en preservering te garanderen, wordt een beroep gedaan op gespecialiseerde restaurateurs.

De verzameling klavierinstrumenten bestaat momenteel uit:

• Spinetta arpata, Jan Boon, Mechelen (BE), 2001, naar een anoniem Italiaans model uit de zestiende eeuw (Grassi Museum Leipzig nr. 41)
• klavecimbel Jan Boon, Mechelen (BE), 2004, naar Giuseppe Mondini ca.1700
• kabinetorgel, Hans ter Hart junior, Amsterdam (NL), ca.1840
• Italiaans orgel, Carlo Russo, Napels? (IT), 1713
• gotisch orgel, Walter Chinaglia, Cermenate (IT), 2012, naar schilderij Hugo Van der Goes, 1487
• harmonium, Christophe & Etienne, Parijs (FR), s.d.
• Ottavino-spinet, Jan Boon, Mechelen (BE), 2006, naar Franciscus Patavinus (Venetië), 1527
• positieforgel, Bert De Vylder, s.l., 1986
• Apfelregal, Christian Kögler, St. Florian (AT), 2021, naar een instrument uit 1506
• positieforgel, Hans Klais, Bonn (DE), 1957/58
• klavechord, Joris Potvlieghe, Tollembeek (BE), 2002, naar Phlipp Jacob Specken, (Stockholm?), 1743
• portatief orgel, Walter Chinaglia, Cermenate (IT), 2012 (langdurige bruikleen)
• portatief orgel, Noel Mander, Londen (UK), ca. 1985 (langdurige bruikleen)

Naast de instrumenten die eigendom zijn van de Foundation, bewaart het Huis van de Polyfonie ook instrumenten in langdurige bruikleen zoals een vedel, draailier, psalterium, renaissance slagwerk, fluiten en doedelzakken.